El mes de noviembre se enviaron 400 trabajos a ALICE, consumiendo más de 30.000 horas-core. La red de datos transfirió 1.2 TB entre los nodos de cálculo. Hemos instalado en BRUNO software de cálculo científico y realizado tareas de mejora en la información proporcionada a los usuarios al inicio y fin del envío de trabajos.
Se han firmado tres acuerdos de servicio con departamentos de la UNED, ofreciendo más de 3,5 millones de horas-core de computación a investigadores. Se está trabajando, también, en la firma de acuerdos con una titulación de Máster y la Facultad de Ciencias.
En el apartado de formación, más de cincuenta personas (estudiantes de grado, máster y doctorado, y personal docente e investigador) se inscribieron al taller de introducción al clúster impartido por el CCAR. La grabación del taller está disponible en la dirección https://ccar.uned.es/talleres-2022.
El CCAR está trabajando también, con ayuda de la Sección de Compras y la Sección Económica de la Facultad de Ciencias, en los procedimientos de adquisición de material necesario para su operativa. Hemos solicitado también, con cargo a la Convocatoria 2021 del Plan de Garantía Juvenil de la CAM, la contratación de un ayudante de investigación para dar soporte a herramientas de cálculo científico.
Por último, hemos personalizado y adaptado a la identidad corporativa de la UNED distintos elementos de la herramienta de tickets y de nuestro sitio web.
En el mes de octubre se han enviado más de 3600 trabajos, realizando más de 95.000 horas-core de computación. Se han transferido más de 100 TB a través de la red de datos.
Hemos estado en contacto con el equipo de Comunicación y Marketing para adaptar el sitio web a la Identidad Corporativa de la UNED, y seguimos trabajando con ellos para la creación de logos, iconos e imágenes adecuadas. Desde aquí nuestro agradecimiento a su labor.
Seguimos trabajando en el rendimiento y aspectos de seguridad de los servidores expuestos. También se ha migrado la herramienta de tickets al subdominio ccar, quedando habilitado el sitio https://ccar.uned.es/helpdesk.
En BRUNO hemos instalado abundante software: los principales compiladores y librerías, siesta, gromacs, etc.
También hemos iniciado una colaboración con el Grupo de Biología Evolutiva de la UNED, adaptando el software del clúster ALICE para dar cabida a sus necesidades de investigación. El programa MrBayes está ya instalado y tenemos ya usuarios activos del grupo trabajando con nosotros.
Por último, seguimos trabajando en los preparativos del Proyecto «Formación transversal en herramientas de cálculo científico en entornos distribuidos para estudiantes de Ciencias», creando los formularios de inscripción y programando los distintos talleres.
El Grupo de Innovación Docente en Física, en colaboración con el CCAR, y con el patrocinio del Plan de Apoyo a la Innovación Docente UNED y del Máster Universitario en Física de Sistemas Complejos, ofertará durante el curso 2021/2022 una serie de talleres destinados a la obtención de competencias transversales en computación científica para estudiantes de la Facultad de Ciencias. Dirigido principalmente a estudiantes de último curso de grado y máster, y en particular a los de las siguientes asignaturas:
Grado en Física
Trabajo Fin de Grado
Técnicas Experimentales IV
Máster en Física Avanzada/Física de Sistemas Complejos/Ciencia y Tecnología Química
Trabajo Fin de Máster
Fenómenos de Transporte: Técnicas de simulación en fluidos
Métodos Cuánticos en Sistemas Poliatómicos
Introducción a la Ciencia y el Análisis de Datos
Los talleres, con un marcado carácter práctico, harán una introducción de las principales herramientas de software que se se utilizan en sistemas de computación distribuida: LAMMPS, Gaussian, Siesta, etc.
Con esta iniciativa, pretendemos que los estudiantes puedan adquirir los conocimientos necesarios para afrontar, con garantías de éxito, los retos que puedan plantearse en computación científica distribuida. Se trata de una formación complementaria para estudiantes que expande las posibilidades de actuación en numerosas asignaturas, lo que supone un valor añadido para las titulaciones en las que se enmarca.
Tanto en los cursos virtuales como en la web del CCAR como en redes sociales daremos información sobre las fechas y los contenidos de los talleres.
BRUNO es un clúster administrado por el CCAR que dispone de muchas herramientas de cálculo científico. En este taller introductorio se presentarán las características básicas de este clúster, similar a los que se encuentran en muchos sistemas de computación distribuida. En la parte práctica del taller se mostrará cómo realizar conexiones remotas, la subida y bajada de ficheros y cómo se realizan y monitorizan los cálculos enviados.
MATLAB es una plataforma de programación y cálculo numérico de gran popularidad entre ingenieros y científicos y usada en miles de centros académicos e institutos de investigación. Es una herramienta versátil adecuada para el análisis de datos, programar simulaciones y la resolución numérica de integrales, derivadas y ecuaciones algebraicas, diferenciales e incluso integrodiferenciales. Matlab es acrónimo de MATrix LABoratory ya que su lenguaje utiliza de modo natural la representación matricial y sus operaciones. Esto lo convierte en la herramienta más eficiente a la hora de implementar las ecuaciones desarrolladas por científicos y matemáticos en forma de programas.
Ponente: Jaime Arturo de la Torre (Física Fundamental)
LAMMPS es un programa de dinámica molecular ampliamente usado en la comunidad científica. Con una sintaxis propia, está especializado en problemas de estado sólido (metales, semiconductores), materia blanda (biomoléculas, polímeros) y modelos mesoscópicos. Puede usarse para modelar interacciones atómicas o, de forma más general, como un simulador en las escalas atómicas, mesoscópicas o del continuo. En este taller veremos, a través de ejemplos sencillos, las características generales de LAMMPS, cómo interaccionar con él y usarlo para resolver problemas de dinámica molecular o de dinámica browniana.
RandomPhase es un programa de simulación que utiliza el método Metropolis Monte Carlo, desarrollado como parte del proyecto de tesis de un estudiante de doctorado de la UNED. Es utilizado en el ámbito de investigación para estudiar las transiciones de fase en sistemas bidimensionales así como en el ámbito docente para realizar una práctica de simulación en el laboratorio de Estado Sólido de Técnicas Experimentales IV del grado de Física. En este taller veremos, a través de ejemplos sencillos, las características generales de RandomPhase, cómo interaccionar con él.
Gaussianes un programa de cálculo ab initio para simular las propiedades físico-químicas (estructura, energía, frecuencias vibracionales, etc.) de las moléculas. Se trata de un programa comercial ampliamente usado por la comunidad científica. Tiene implementado diferentes métodos de función de onda y de teoría de funcionales de la densidad para realizar los cálculos, así como diferentes conjuntos de funciones de base (principalmente gaussianas) y también pseudopotenciales. En este taller veremos algunas características generales de Gaussian, y el programa de entorno gráfico Gaussview, y cómo utilizarlos dentro de BRUNO.
SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms) es un método original y una implementación de software para efectuar cálculos de estructura electrónica y simulaciones de dinámica molecular ab initio para moléculas y sólidos.
Usa un código de teoría del funcional de la densidad que predice las propiedades de una agrupación de átomos. Entre tales propiedades se encuentran la estructura de bandas Kohn-Sham, la densidad electrónica y las poblaciones de Mulliken.
En el mes de septiembre se han enviado más de 1200 trabajos, realizando más de 80.000 horas-core de computación. Se han transferido más de 350 TB a través de la red de datos.
En ALICE se ha instalado un nuevo NAS, aumentando la capacidad total de 22 TB a 38 TB.
BRUNO se ha habilitado para estudiantes de TFG y TFM, actualizando el SO a CentOS 7.4, con un NAS, tres nodos y dos colas de trabajo. Se ha actualizado el Manual del Jugador e implementado la monitorización de discos.
Adicionalmente, se ha actualizado la herramienta de tickets a la última versión y se ha trabajado en la consecución del subdominio ccar.uned.es por parte del CTU.
En el apartado de gestión de compras, en contacto con el proyecto de investigación PID2019-108592RB-C44, se ha propuesto la adquisición de un nuevo nodo con procesadores Intel Xeon Gold y dos tarjetas gráficas.
Por último, se ha aprobado el Proyecto de Innovación Docente «Formación transversal en herramientas de cálculo científico en entornos distribuidos para estudiantes de Ciencias», por lo que está trabajando en las necesidades de los participantes del proyecto para acondicionar BRUNO.
