Paralelización con Gaussian
El CCAR tiene habilitado el software Gaussian para aquellos usuarios que cuenten con una licencia de uso. Para utilizarlo, basta cargar el módulo correspondiente:
$ module load gaussian/g16_2021
Gaussian soporta dos modos de paralelización. En ALICE se encuentra habilitado el soporte multinúcleo, que permite la ejecución en paralelo dentro de un mismo nodo de cálculo. Para ello es necesario, además de hacer la reserva de hilos desde el archivo .job (con #$ -pe smp N), indicarle a Gaussian que debe utilizar los hilos disponibles con alguna de las siguientes directivas:
- En el archivo de entrada de Gaussian (.gjf), añadiendo la instrucción %CPU=1-N
- Como parámetro al llamar al ejecutable, con g16 -c="1-N" ...
- Definiendo la variable de entorno GAUSS_CDEF, añadiendo al archivo .job antes de la llamada a Gaussian export GAUSS_CDEF="1-N"
El uso de -p o $NProcShared está desaconsejado, ya que son instrucciones obsoletas que es posible que desaparezcan en futuras versiones del software. El sitio web de Gaussian dispone de más información sobre todas las opciones de ejecución disponibles.
Confiamos en que estas indicaciones sean útiles para optimizar los cálculos. Recordamos que, para no infrautilizar los recursos disponibles, es necesario que la reserva de hilos de un .job coincida con la carga de trabajo real del software.
